KEGG pathway map の作製

Introduction

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) は、バイオインフォマティクス研究のためのデータベースおよびツールである。遺伝子、タンパク質、代謝、シグナル伝達などのネットワークのマッピングや解析に用いられる。

KEGG pathway では、調べたい遺伝子や分子がどのようなシグナル経路に含まれているのかを検索・可視化することができる。

Protocol

データの作製 (遺伝子)

遺伝子名を一行ずつ改行したテキストデータを用意する。

Pathway map 画像の作製

  1. KEGG Mapper にアクセスし、左のカラムから「Search Pathway」か「Search & Color Pathway」を選ぶ。
    両者で生成される画像の種類が異なるが、機能は同じ。
  2. 「Search mode」の「Organism-specific」を選択し、テキストボックスに種名を入力する。
    ヒトは「hsa」、マウスは「mmu」、ニワトリは「gga」。
  3. 「Enter objects~」に遺伝子データを入力する。
  4. 「Exec」ボタンを押す。
  5. 入力した遺伝子群が含まれる signal pathway の一覧が表示される。
    見たい signal pathway をクリックすると画像が表示される。
  6. 画像のページの「Image (png) file」をクリックすると画像をダウンロードできる。

Examples

KEGG pathway map
p53 signaling pathway における例