STRING 解析

Introduction

STRING は、遺伝子 (産物) 間の相互作用のデータベースである。STRING 解析により、遺伝子 (産物) 間の関係性を可視化することができる。

Materials

データの作製

遺伝子のリストをテキストファイルで用意する。

Protocol

  1. STRING (Szklarczyk 2017) にアクセスし、左のメニューから「Multiple proteins」を選択する。
  2. 「List Of Names」に遺伝子リストを入力するか、「...or, upload a file」から遺伝子リストのファイルをアップロードする。
  3. 「Organism」に生物名を入力し、候補の中から種を選択する。「SEARCH」を押す。
  4. 遺伝子のリストが表示されるので、確認して「CONTINUE」を押す。
  5. 画像が表示される。画像の下の情報を確認する。「Settings」からは画像の設定ができる。
  6. 「Exports」を選択し、「...as a bitmap image」の「download」リンクをクリックすると画像 (.png) が取得できる。
  7. 画像のファイル名を、遺伝子リストや設定項目がわかる名前に変更する。

Examples

STRING Example 1
Fig 1 (Nihashi 2019)

References

Nihashi Y, Umezawa K, Shinji S, Hamaguchi Y, Kobayashi H, Kono T, Ono T, Kagami H, Takaya T*. Distinct cell proliferation, myogenic differentiation, and gene expression in skeletal muscle myoblasts of layer and broiler chickens. Sci Rep. 2019; 9: 16527.

Szklarczyk D, Morris JH, Cook H, Kuhn M, Wyder S, Simonovic M, Santos A, Doncheva NT, Roth A, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. The STRING database in 2017: quality-controlled protein-protein association networks, made broadly accessible. Nucleic Acids Res. 2017; 45: D362-D368.